Ordforklaring


BLAST

BLAST – Inden for bio­in­for­matik er BLAST (basic local align­ment search tool – grund­læggende lokal til­pas­nings søgnings værktøj) en algo­ritme og et program til sam­men­lig­ning af primære bio­lo­giske sekvens­op­lys­ninger, såsom amino­syre­sekven­serne i pro­teiner eller nukle­o­tiderne i DNA- og/eller RNA-sekvenser. En BLAST-søgning gør det muligt for en forsker at sam­men­ligne en protein- eller nukleo­tid­sekvens (kaldet en fore­spørgsel) med et bib­liotek eller en data­base af sekvenser og iden­ti­fi­cere data­basens sekvenser, der ligner fore­spørg­sels­se­kvensen over en vis tærskel.

F.eks. vil en forsker efter op­dagelsen af et tid­ligere ukendt gen i musen typisk fore­tage en BLAST-søgning i det men­nes­kelige genom for at se, om men­nesker har et lig­nende gen; BLAST vil iden­ti­fi­cere sekvenser i det men­neskelige genom, der ligner muse-genet på grundlag af se­kvensens lighed.